条约共分为六款：
一、"以流入黑龙江之绰尔纳河，即鞑靼语所称乌伦穆河附近之格尔必齐河为两国之界。格尔必齐河发源处为石大兴安岭，此岭直达于海，亦为两国之界：凡岭南一带土地及流入黑龙江大小诸川，应归中国管辖；其岭北一带土地及川流，应归俄国管辖。惟界于兴安岭与乌第河之间诸川流及土地应如何分划，今尚未决，此事须待两国使臣各归本国，详细查明之后，或遣专使，或用文牍，始能定之。又流入黑龙江之额尔古纳河亦为两国之界：河以南诸地，尽属中国，河以北诸地，尽属俄国。凡在额尔古纳河南岸之墨里勒克河口诸房舍，应悉迁移于北岸。"
二、"俄人在亚(雅)克萨所建城障，应即尽行除毁。俄民之居此者，应悉带其物用，尽数迁入俄境。""两国猎户人等，不论因何事故，不得擅越已定边界。若有一、二下贱之人，或因捕猎，或因盗窃，擅自越界者，立即械系，遣送各该国境内官吏，审知案情，当即依法处罚。若十数人越境相聚，或持械捕猎，或杀人劫略，并须报闻两国皇帝，依罪处以死刑。既不以少数人民犯禁而备战，更不以是而至流血。"
三、"此约定定以前所以一切事情，永作罢论。自两国永好已定之日起，嗣后有逃亡者，各不收纳，并应械系遣还。"
四、"现在俄民之在中国或华民之在俄国者，悉听如旧。"
五、"自和约已定之日起，凡两国人民持有护照者，俱得过界来往，并许其贸易互市。"
六、"和好已定，两国永敦睦谊，自来边境一切争执永予废除，倘各严守约章，争端无自而起。"
《尼布楚条约》是中俄两国之间正式缔结的第一个条约。这个条约的订立，为两国关系的正常化奠定了基础。条约规定中俄两国东段边界以外兴安岭(即斯塔诺夫山脉)至海、格尔必齐河和额尔古纳河为界，从法律上肯定了黑龙江和乌苏里江流域的广大地区都是中国领土。中国收回了被沙俄侵占的一部分领土，制止了沙俄对黑龙江的进一步侵略，使东北边疆获得了比较长久的安宁。俄国事实上承认侵略中国黑龙江地区为非法，同意把侵入这一地区的沙俄军队撤回本国；另一方面，沙俄通过《尼布楚条约》把中国方面让予的贝加尔湖以东尼布楚一带地方纳入它的版图，把乌第河流域划为待议地区，并获得重大的通商利益，初步达到了扩大中国市场的目标。
尼布楚谈判前后，布里亚特等族人民所掀起的大规模抗俄斗争，确乎使戈洛文等心惊胆战，感受到极大的"压力"。不过，这种"压力"决不是别人制造出来施加于俄方，而恰恰是沙俄残暴殖民统治本身的产物。哪里有压迫，哪里就有反抗。布里亚特等族人民进行反抗沙俄殖民统治的斗争是势所必然，哪里还用得着清朝使团去"煽动"。据《张诚日记》记载：八月二十八日，许多蒙古族部众迫切希望摆脱沙俄压迫，请求清朝使团协助他们迁入中国内地。耶稣会士徐日升竭力阻挠，说什么"帮助喀尔喀人反抗俄国人，就一定会破坏和平。"在他的影响下，索额图等对于当地人民重返祖国怀抱的要求竟没有给以支持，"我们的钦差大臣为了不致妨碍和谈，什么也不肯许诺他们。"
以额尔古纳河至外兴安岭至乌第河为界，西伯利亚那片辽阔富饶的土地以及生活在其上的蒙古族的近亲民族从此成为了俄国的土地和子民。满清在该条约中放弃了从额尔古纳河到贝加尔湖的领土。《尼布楚条约》是中国近代史上第一个不平等条约。
外兴安岭附近地区自古就是中华民族东北少数民族的聚居地，自唐朝以来，辽朝、金朝、元朝、明朝都对该地区实施了有效统治，明朝还在该地区设立奴儿干都司进行管辖。而俄罗斯最初只是一个莫斯科公国，其主要领土在欧洲，外兴安岭附近离俄罗斯本土相距一万公里还远，清初的时候，俄罗斯一些匪徒才流窜到外兴安岭附近殖民。而此时满清正处于某些砖家所谓的“康乾盛世”时期，俄罗斯此时彼得大帝才刚刚实行改革，一个处于盛世的国家，在家门口打一个远道而来的侵略者，却要死伤数千士兵才攻下只有几百沙俄匪徒占据的雅克萨城。以当时清的国力，本应能够将沙俄侵略者逐出国门，但是最终却牺牲了一部分领土（贝加尔湖以东原属中国的尼布楚土地）。主要原因有二，一是清军武器落后，满清军队崇尚骑射，废弃了明朝的火炮，因此对抗沙俄侵略者的火炮时死伤惨重。二是满清刚平定中国不久，其殖民统治尚不稳固，故不愿与沙俄消耗。所以就签订了该割让领土的不平等条约，《尼布楚条约》的文本以满文和拉丁文签署，唯独没有汉文，显示了两个殖民者互相勾结。这个不平等条约开了很坏的先例.
《中俄尼布楚条约》、《中俄布连斯奇条约》《中俄恰克图条约》失去的贝加尔湖东西南北四岸中国国土大约100万平方公里。按照这个边界，明清之际和清初《中俄尼布楚条约》、清代中期《中俄布连斯奇条约》《中俄恰克图条约》失去的贝加尔湖东西南北四岸中国国土，远远不止35万平公里，从地图上看，大约应在100万平方公里左右，即东西两岸大致各50万平方公里左右，这个数字还有待于研究中国历史地理的朋友进一步确证，但不会有太大的出入。
清朝初期的东北国界，比我们传统认识中要复杂的多，东北疆域也比传统认识中要大得多。一般认为，根据《中俄尼布楚条约》规定的中俄东段边界是：中俄两国北以格尔必齐河沿外兴安岭至海为界，岭南属中国领土，岭北归俄国管辖；西以额尔占纳河为界，河以南属中国，河以北属俄国；介于外兴安岭与乌第河之间地区的归属双方待议。
这个表述长期以来给人们造成了两个错觉:一是尼布楚地区似乎很小。条约规定把贝加尔湖以东原属中国的尼布楚地区让与俄国，好像很小的一块国土，实际上，“贝加尔湖以东，尼布楚一带”是很大的一片国土，这是因为统治者目光短浅、谈判中一位绥靖、再加上某些教士偏袒沙俄造成的重大损失。
清朝前期，直到鸦片战争，其间失去的国土，至少在四、五百万平方公里左右，再加上清朝末期失去的三百三十六万多平方公里，有清一代，丧失国土面积大约在七百——八百多万平方公里以上.
一、签定前双方的想法
俄国宫廷认为，清朝会把黑龙江以北给俄国，南岸归清国。
康熙的想法是指定要谈判大臣得到黑龙江和雅克撒城，如果得不到就不能谈和，但是具体要把边境定在哪里没有指定。至于具体要把边境定在哪里，双方的高层没有具体说明，这是因为无论是清朝还是沙俄，哪一方对从贝加尔湖北到黑龙江上游地区都是不太了解。这片区域对于清朝和沙俄都是陌生而神秘的。
匆忙划分的边境也出了很多问题，因为划分的边境双方都没有去过，日后留下了乌第河的问题，还有所谓的石头山的歧异。连第一大岛库页岛（满语称萨哈连岛，意为“黑色的岛”）的归属都没有谈。
最大的分歧是，当时的该岛已经属于俄方的势力。条约没有指明，俄国认为该岛属于俄国。而清朝的依据是，该岛原属于东海女真萨哈连部的聚集地，所以理应归清朝所有。问题在于但东海女真萨哈连部已经划入八旗，迁居北京和关内，此岛现在属于无主之岛。（名义上受清朝宁古塔将军管辖。）
二、谈判双方的人员和兵力构成
由于当时清朝没有任何国际法的概念，所以单纯的认为“我们是天朝，谈不成马上就打”，这使得谈判期间沙俄方面的代表所有人都感受到了生命威胁。他们也都在抱怨。
俄方大使是戈洛文。俄国谈判时的兵力，是600名龙骑兵，一个临时征集的团队500人，300哥萨克火枪兵和3000名鄂嫩部落的布里亚特蒙古人。
清方的谈判代表是国舅佟国刚和索额图。清朝谈判时的兵力是黑龙江将军萨布素麾下的15000八旗兵，2000索伦兵（达斡尔人）和由使鹿部（鄂温克）使犬部（鄂伦春）鱼皮部（赫哲）各部落酋长组成的卫队1000人，及蒙古科尔沁亲王的1000蒙古骑兵。
三、翻译人员
中方开始是耶酥会师张诚和徐日升，用的是拉丁语。后来改成蒙古人，用蒙语。
四、谈判地点
俄国的使者说他犯了一个最大的错误就是让中国来选定谈判地点。后来想改，被中方拒绝。开始康熙选定的是色楞格河（今属俄罗斯，色楞格斯克），但是由于当地发生战事，准葛尔大汗葛尔丹正在攻杀漠北蒙古土谢图汗，中国的大使只能返回北京。后来选定的是涅尔琴斯克，中国的团队能从满洲去，不用经过蒙古。后来谈判期间俄国使者说涅尔琴斯克被清朝控制，他们和外界失去联系。而在谈判时，清朝调集了重兵，实际上已经将俄国使团包围。
五、到达时间
清朝使团的到达的时间是1689年7月21日，俄方是3周后到达。
六、谈判房间的设置
俄方搭建了一个临时帐篷，帐篷里面俄方装修的很豪华，贵重的土尔其地毯，桌子上是波斯台毯，桌子上放了墨水瓶和贵重的时钟，俄方还有2个安乐椅。帐篷里面清朝方面的一侧没有任何装饰，所有的使者都坐一个低矮的长凳子上。后来俄方人员估计，清朝方面之所以这样，可能是因为他们估计谈判不成就要开战，而没有刻意的修饰，因为他们实在觉得，庞大的中国居然会据此简约会有什么别的理由。
七、关于皇帝的授权书
俄方想出示沙皇彼得的授权书，而清方说他们没有皇帝的授权书，只有皇帝下的恩旨，所以清朝也不想看俄方的所谓的授权书。其实这是因为清朝人根本没有国际法的概念。
八、双方的第一次讨价还价
俄使戈洛文说:让清朝把黑龙江北面都给俄国。
清朝索额图说：俄国把贝加尔湖到黑龙江的土地都给清朝。
清朝的理由是：这些地方曾经受过“中国以前朝代的君主”，或者成吉思汗的统治，所以理应属于中国。而实际情况是清朝一直忙于国内统一战争，无力顾及北边。从清朝顺治皇帝开始俄国就在匪帮占领和沙皇认同委任的交替行进中吞食整个贝加尔到黑龙江北岸。俄国基本上控制西伯利亚地区已经40-70年左右。
从今天看来，黑龙江流域属于清朝是毋庸置疑的，因为黑龙江流域的通古斯族系的民族都和满族有着非同一般的关系。而至于外兴安岭以北，和黑龙江到贝加尔湖的森林里面甚至更北的地方，这些地方住着什么人，什么地形和物产，当时的清朝人和俄国人都不熟悉。只有养鹿的人在那里生存，数量很少，流动性很大，没有任何人管理。如果说黑龙江还有索伦的王爷在管理。那这些地方就是没有人管的蛮荒之地。土地非常贫瘠，异常寒冷，都是冻土层。（后来证明，这些地方住的居民是雅库特人，楚克奇人和爱斯基摩人）
九、谈判破裂
双方第一次讨价还价失败，俄方要求清朝送来不愿谈判的书面声明，而清方说：无须送书面声明，但是不会放弃自己的要求，如果俄国使臣对此不满意，则请于今夜给予答复，他们不想再等了，要打便打。（事实上是因为葛尔丹已经消灭了土谢图，康熙皇帝密旨不要和沙俄浪费太多时间，集中兵力对付葛尔丹，毕竟在清朝看来，准葛尔的威胁远大于沙俄。）
一、"以流入黑龙江之绰尔纳河，即鞑靼语所称乌伦穆河附近之格尔必齐河为两国之界。格尔必齐河发源处为石大兴安岭，此岭直达于海，亦为两国之界：凡岭南一带土地及流入黑龙江大小诸川，应归中国管辖；其岭北一带土地及川流，应归俄国管辖。惟界于兴安岭与乌第河之间诸川流及土地应如何分划，今尚未决，此事须待两国使臣各归本国，详细查明之后，或遣专使，或用文牍，始能定之。又流入黑龙江之额尔古纳河亦为两国之界：河以南诸地，尽属中国，河以北诸地，尽属俄国。凡在额尔古纳河南岸之墨里勒克河口诸房舍，应悉迁移于北岸。"
二、"俄人在亚(雅)克萨所建城障，应即尽行除毁。俄民之居此者，应悉带其物用，尽数迁入俄境。""两国猎户人等，不论因何事故，不得擅越已定边界。若有一、二下贱之人，或因捕猎，或因盗窃，擅自越界者，立即械系，遣送各该国境内官吏，审知案情，当即依法处罚。若十数人越境相聚，或持械捕猎，或杀人劫略，并须报闻两国皇帝，依罪处以死刑。既不以少数人民犯禁而备战，更不以是而至流血。"
三、"此约定定以前所以一切事情，永作罢论。自两国永好已定之日起，嗣后有逃亡者，各不收纳，并应械系遣还。"
四、"现在俄民之在中国或华民之在俄国者，悉听如旧。"
五、"自和约已定之日起，凡两国人民持有护照者，俱得过界来往，并许其贸易互市。"
六、"和好已定，两国永敦睦谊，自来边境一切争执永予废除，倘各严守约章，争端无自而起。"
《尼布楚条约》是中俄两国之间正式缔结的第一个条约。这个条约的订立，为两国关系的正常化奠定了基础。条约规定中俄两国东段边界以外兴安岭(即斯塔诺夫山脉)至海、格尔必齐河和额尔古纳河为界，从法律上肯定了黑龙江和乌苏里江流域的广大地区都是中国领土。中国收回了被沙俄侵占的一部分领土，制止了沙俄对黑龙江的进一步侵略，使东北边疆获得了比较长久的安宁。俄国事实上承认侵略中国黑龙江地区为非法，同意把侵入这一地区的沙俄军队撤回本国；另一方面，沙俄通过《尼布楚条约》把中国方面让予的贝加尔湖以东尼布楚一带地方纳入它的版图，把乌第河流域划为待议地区，并获得重大的通商利益，初步达到了扩大中国市场的目标。
尼布楚谈判前后，布里亚特等族人民所掀起的大规模抗俄斗争，确乎使戈洛文等心惊胆战，感受到极大的"压力"。不过，这种"压力"决不是别人制造出来施加于俄方，而恰恰是沙俄残暴殖民统治本身的产物。哪里有压迫，哪里就有反抗。布里亚特等族人民进行反抗沙俄殖民统治的斗争是势所必然，哪里还用得着清朝使团去"煽动"。据《张诚日记》记载：八月二十八日，许多蒙古族部众迫切希望摆脱沙俄压迫，请求清朝使团协助他们迁入中国内地。耶稣会士徐日升竭力阻挠，说什么"帮助喀尔喀人反抗俄国人，就一定会破坏和平。"在他的影响下，索额图等对于当地人民重返祖国怀抱的要求竟没有给以支持，"我们的钦差大臣为了不致妨碍和谈，什么也不肯许诺他们。"
以额尔古纳河至外兴安岭至乌第河为界，西伯利亚那片辽阔富饶的土地以及生活在其上的蒙古族的近亲民族从此成为了俄国的土地和子民。满清在该条约中放弃了从额尔古纳河到贝加尔湖的领土。《尼布楚条约》是中国近代史上第一个不平等条约。
外兴安岭附近地区自古就是中华民族东北少数民族的聚居地，自唐朝以来，辽朝、金朝、元朝、明朝都对该地区实施了有效统治，明朝还在该地区设立奴儿干都司进行管辖。而俄罗斯最初只是一个莫斯科公国，其主要领土在欧洲，外兴安岭附近离俄罗斯本土相距一万公里还远，清初的时候，俄罗斯一些匪徒才流窜到外兴安岭附近殖民。而此时满清正处于某些砖家所谓的“康乾盛世”时期，俄罗斯此时彼得大帝才刚刚实行改革，一个处于盛世的国家，在家门口打一个远道而来的侵略者，却要死伤数千士兵才攻下只有几百沙俄匪徒占据的雅克萨城。以当时清的国力，本应能够将沙俄侵略者逐出国门，但是最终却牺牲了一部分领土（贝加尔湖以东原属中国的尼布楚土地）。主要原因有二，一是清军武器落后，满清军队崇尚骑射，废弃了明朝的火炮，因此对抗沙俄侵略者的火炮时死伤惨重。二是满清刚平定中国不久，其殖民统治尚不稳固，故不愿与沙俄消耗。所以就签订了该割让领土的不平等条约，《尼布楚条约》的文本以满文和拉丁文签署，唯独没有汉文，显示了两个殖民者互相勾结。这个不平等条约开了很坏的先例.
《中俄尼布楚条约》、《中俄布连斯奇条约》《中俄恰克图条约》失去的贝加尔湖东西南北四岸中国国土大约100万平方公里。按照这个边界，明清之际和清初《中俄尼布楚条约》、清代中期《中俄布连斯奇条约》《中俄恰克图条约》失去的贝加尔湖东西南北四岸中国国土，远远不止35万平公里，从地图上看，大约应在100万平方公里左右，即东西两岸大致各50万平方公里左右，这个数字还有待于研究中国历史地理的朋友进一步确证，但不会有太大的出入。
清朝初期的东北国界，比我们传统认识中要复杂的多，东北疆域也比传统认识中要大得多。一般认为，根据《中俄尼布楚条约》规定的中俄东段边界是：中俄两国北以格尔必齐河沿外兴安岭至海为界，岭南属中国领土，岭北归俄国管辖；西以额尔占纳河为界，河以南属中国，河以北属俄国；介于外兴安岭与乌第河之间地区的归属双方待议。
这个表述长期以来给人们造成了两个错觉:一是尼布楚地区似乎很小。条约规定把贝加尔湖以东原属中国的尼布楚地区让与俄国，好像很小的一块国土，实际上，“贝加尔湖以东，尼布楚一带”是很大的一片国土，这是因为统治者目光短浅、谈判中一位绥靖、再加上某些教士偏袒沙俄造成的重大损失。
清朝前期，直到鸦片战争，其间失去的国土，至少在四、五百万平方公里左右，再加上清朝末期失去的三百三十六万多平方公里，有清一代，丧失国土面积大约在七百——八百多万平方公里以上.
一、签定前双方的想法
俄国宫廷认为，清朝会把黑龙江以北给俄国，南岸归清国。
康熙的想法是指定要谈判大臣得到黑龙江和雅克撒城，如果得不到就不能谈和，但是具体要把边境定在哪里没有指定。至于具体要把边境定在哪里，双方的高层没有具体说明，这是因为无论是清朝还是沙俄，哪一方对从贝加尔湖北到黑龙江上游地区都是不太了解。这片区域对于清朝和沙俄都是陌生而神秘的。
匆忙划分的边境也出了很多问题，因为划分的边境双方都没有去过，日后留下了乌第河的问题，还有所谓的石头山的歧异。连第一大岛库页岛（满语称萨哈连岛，意为“黑色的岛”）的归属都没有谈。
最大的分歧是，当时的该岛已经属于俄方的势力。条约没有指明，俄国认为该岛属于俄国。而清朝的依据是，该岛原属于东海女真萨哈连部的聚集地，所以理应归清朝所有。问题在于但东海女真萨哈连部已经划入八旗，迁居北京和关内，此岛现在属于无主之岛。（名义上受清朝宁古塔将军管辖。）
二、谈判双方的人员和兵力构成
由于当时清朝没有任何国际法的概念，所以单纯的认为“我们是天朝，谈不成马上就打”，这使得谈判期间沙俄方面的代表所有人都感受到了生命威胁。他们也都在抱怨。
俄方大使是戈洛文。俄国谈判时的兵力，是600名龙骑兵，一个临时征集的团队500人，300哥萨克火枪兵和3000名鄂嫩部落的布里亚特蒙古人。
清方的谈判代表是国舅佟国刚和索额图。清朝谈判时的兵力是黑龙江将军萨布素麾下的15000八旗兵，2000索伦兵（达斡尔人）和由使鹿部（鄂温克）使犬部（鄂伦春）鱼皮部（赫哲）各部落酋长组成的卫队1000人，及蒙古科尔沁亲王的1000蒙古骑兵。
三、翻译人员
中方开始是耶酥会师张诚和徐日升，用的是拉丁语。后来改成蒙古人，用蒙语。
四、谈判地点
俄国的使者说他犯了一个最大的错误就是让中国来选定谈判地点。后来想改，被中方拒绝。开始康熙选定的是色楞格河（今属俄罗斯，色楞格斯克），但是由于当地发生战事，准葛尔大汗葛尔丹正在攻杀漠北蒙古土谢图汗，中国的大使只能返回北京。后来选定的是涅尔琴斯克，中国的团队能从满洲去，不用经过蒙古。后来谈判期间俄国使者说涅尔琴斯克被清朝控制，他们和外界失去联系。而在谈判时，清朝调集了重兵，实际上已经将俄国使团包围。
五、到达时间
清朝使团的到达的时间是1689年7月21日，俄方是3周后到达。
六、谈判房间的设置
俄方搭建了一个临时帐篷，帐篷里面俄方装修的很豪华，贵重的土尔其地毯，桌子上是波斯台毯，桌子上放了墨水瓶和贵重的时钟，俄方还有2个安乐椅。帐篷里面清朝方面的一侧没有任何装饰，所有的使者都坐一个低矮的长凳子上。后来俄方人员估计，清朝方面之所以这样，可能是因为他们估计谈判不成就要开战，而没有刻意的修饰，因为他们实在觉得，庞大的中国居然会据此简约会有什么别的理由。
七、关于皇帝的授权书
俄方想出示沙皇彼得的授权书，而清方说他们没有皇帝的授权书，只有皇帝下的恩旨，所以清朝也不想看俄方的所谓的授权书。其实这是因为清朝人根本没有国际法的概念。
八、双方的第一次讨价还价
俄使戈洛文说:让清朝把黑龙江北面都给俄国。
清朝索额图说：俄国把贝加尔湖到黑龙江的土地都给清朝。
清朝的理由是：这些地方曾经受过“中国以前朝代的君主”，或者成吉思汗的统治，所以理应属于中国。而实际情况是清朝一直忙于国内统一战争，无力顾及北边。从清朝顺治皇帝开始俄国就在匪帮占领和沙皇认同委任的交替行进中吞食整个贝加尔到黑龙江北岸。俄国基本上控制西伯利亚地区已经40-70年左右。
从今天看来，黑龙江流域属于清朝是毋庸置疑的，因为黑龙江流域的通古斯族系的民族都和满族有着非同一般的关系。而至于外兴安岭以北，和黑龙江到贝加尔湖的森林里面甚至更北的地方，这些地方住着什么人，什么地形和物产，当时的清朝人和俄国人都不熟悉。只有养鹿的人在那里生存，数量很少，流动性很大，没有任何人管理。如果说黑龙江还有索伦的王爷在管理。那这些地方就是没有人管的蛮荒之地。土地非常贫瘠，异常寒冷，都是冻土层。（后来证明，这些地方住的居民是雅库特人，楚克奇人和爱斯基摩人）
九、谈判破裂
双方第一次讨价还价失败，俄方要求清朝送来不愿谈判的书面声明，而清方说：无须送书面声明，但是不会放弃自己的要求，如果俄国使臣对此不满意，则请于今夜给予答复，他们不想再等了，要打便打。（事实上是因为葛尔丹已经消灭了土谢图，康熙皇帝密旨不要和沙俄浪费太多时间，集中兵力对付葛尔丹，毕竟在清朝看来，准葛尔的威胁远大于沙俄。）